L'USAP est le résultat d'une fusion entre deux clubs perpignanais s'étant unis en 1933, l'Union sportive perpignanaise (USP) et les Arlequins perpignanais. L'USP était également issue d'un rapprochement, entre l'Association sportive perpignanaise, fondée en 1902, et le « Stade olympien perpignanais » qui s'étaient réunis en 19193.
Le club est quadruple champion de France (1938, 1944, 1955 et 2009) et fut présent sans interruption dans l'élite du championnat de France de rugby jusqu'à sa relégation en Pro D2 en mai 20145. Le club est également double champion de France de Pro D2 en 2018 et 2021. L'USAP est aussi vice-champion d’Europe en 2003 et totalise douze participations à la coupe d'Europe.